L’importante sito archeologico di Coppa Nevigata di Manfredonia, situato nella zona Ovest della città, presenta ancora oggi una stratificazione che indica un prolungato insediamento.
L’antico momento di frequentazione, già evidenziato dal Mosso, si riferisce ad una fase iniziale del periodo neolitico.
Gli scavi degli ultimi anni effettuati qui hanno rivelato l’esistenza dell’agricoltura, grazie a orzo e semi di grano e portato alla luce diverse strutture, che vanno ad inserirsi all’interno della fitta trama di villaggi che coprono la zona del Tavoliere.
Durante la fase successiva, nel corso del XV-XIV secolo, pare che l’insediamento si sia spostato maggiormente verso Est, occupando cosi il piccolo promontorio che si affaccia sulla laguna, difeso dalla terraferma grazie ad un muro; si hanno poi anche alcuni resti di un’area sepolcrale situata nelle vicinanze dell’area scavata. Con il Subappenninico l’abitato assunse un impianto abbastanza regolare, con strutture a forma di quadrato e disposte lungo le strette stradine; è proprio questo il periodo delle maggiori attività di scambio con il mondo Egeo.
La vita all’interno del sito archeologico di Coppa Nevigata di Manfredonia prosegue poi fino all’Età del Ferro, quando si trovano importanti tracce di metallurgia.