La stazione ferroviaria di Manfredonia venne inaugurata nel 1885 e da subito riscosse numerosi consensi positivi.
Trovandosi però in una parte periferica, si decise di costruire un prolungamento fino a raggiungere il centro cittadino e il 1 luglio del 1934, venne costruita la nuova Stazione di Manfredonia Città (Manfredonia divenne Manfredonia Campagna).
Visto l’aumento del traffico e la forte urbanizzazione, nel 1989 essa venne chiusa e Manfredonia Campagna tornò ad essere solo Manfredonia.
All’interno sono presenti 3 binari adibiti al servizio passeggeri, anche se solo il primo viene utilizzato per il capolinea dei treni; non mancano due banchine, però prive di pensiline e collegate tra di loro con passerelle sui binari. Lo scalo delle merci, assieme ad altri binari tronchi, è inutilizzato e adibito oggi giorno a parcheggio; nella stazione di Manfredonia sono presenti inoltre anche un serbatoio per l’acqua, una gru, un grande sistema di binari a triangolo, una biglietteria automatica, un bar e servizi igienici.
Attualmente la destinazione dei treni è solamente per la vicina Foggia. Nonostante questo, il traffico dei passeggeri è comunque buono e, soprattutto nei periodi estivi, in costante aumento.