Il clima della città di Manfredonia e tipicamente mediterraneo e condizionato dalla presenza del mare. La distribuzione delle temperature medie durante l’anno, dimostra come la regione sia davvero favorita dal punto di vista termico.
Le estati sono calde e molto asciutte, gli inverni miti; durante il periodo estivo (chiaramente quello maggiormente indicato per raggiungere la città e quello di maggiore affluenza turistica), si possono raggiungere temperature che superano anche i 35-37° C, mentre al contrario in inverno la temperatura di notte può addirittura scendere anche sotto lo zero.
Quasi tutte le zone di pianura e anche quelle di collina hanno medie annue che si aggirano intorno ai 15° C, soprattutto l’area litoranea settentrionale della Daunia e quella orientale del Gargano, hanno una media di 15-16° C.
Le precipitazioni piovose a Manfredonia sono davvero rare in estate, mentre in inverno sono i mesi di dicembre e gennaio quelli che risultano essere i più piovosi.
Una curiosità: la vicina città di Foggia detiene ancora oggi il record di città più calda in assoluto in Europa. Il 25 giugno del 2007 infatti la nota Stazione Meteorologica di Amendola ha registrato un valore di ben 47° C.