Il Castello di Manfredonia è il risultato di ampliamenti, trasformazioni e rifacimenti avvenuti in diverse epoche. A suo tempo l’intera struttura era ubicata in uno spazio racchiuso da una alta cinta di mura, raccordata da cinque torri di pianta quadrata, di cui quattro sistemate agli angoli e la quinta nelle vicinanze della porta principale; rsso non corrisponde però più alla realtà, perché di quest’ultima rimangono solo poche tracce, mentre le altre hanno quasi tutte cambiato forma.
Si connota, per il punto di vista architettonico, per un’impronta di chiara origine sveva, con strutture lineari ed elementi che lo avvicinano a simili modelli difensivi realizzati dagli Svevi.
Durante il XVIII secolo il Castello di Manfredonia perse il significato di fortezza difensiva per assumere quello di caserma, con il torrione ovest trasformato in una vera e propria prigione.
Gli interventi operati sono diretti a rendere maggiormente funzionale l’intera struttura. Durante l’epoca dei Borboni e fino al 1884, venne tenuto in efficienza perché Manfredonia venne qualificata come Piazza Forte.
Dal 1888 fino al 1901, il Castello divenne proprietà dell’Orfanatrofio Militare di Napoli e nel 1968 venne donato allo Stato, con la promessa di creare al suo interno un Museo Archeologico per conservare tutti i resti provenienti dalle zone vicine.