L’economia della città di Manfredonia si basa principalmente sulla pesca (il porto turistico è uno tra i più attivi dell’intero Adriatico), e sull’agricoltura.
Davvero sviluppato, specialmente in questi ultimi anni, è anche il settore del turismo, soprattutto nella località di Siponto e nella zona sud della città.
Il porto di Manfredonia ha, da poco, sviluppato anche il sempre richiesto traffico dei passeggeri, garantendo cosi ottimi e rapidi collegamenti con tutte le località presenti sul promontorio del Gargano e anche con le Isole Tremiti.
Le industrie locali sono situate soprattutto nella zona settentrionale (Vetro, Inside), e lungo la Strada Statale 89, a poca distanza dal centro di Manfredonia. Con la costruzione del porto turistico e la riattivazione del porto industriale poi, questa città si augura di ravvivare tutta la propria economia e di aumentare soprattutto l’affluenza commerciale e anche turistica.
Comunque sia lo sviluppo economico non è purtroppo sufficiente ad assorbire l’eccedenza della forza lavoro (in passato proveniente dal settore agricolo). cosi ha dato e da ancora oggi origine ad un grande flusso migratorio dei vicini paesi stranieri, con punte massime raggiunte soprattutto nel 1930.